自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……
法国青年瑞斯（乔纳森•莱斯•梅耶斯 Jonathan Rhys Meyers 饰）在大使馆中工作，同时他还是美国情报部门的见习人员，精明强干的瑞斯对“换车牌”，加窃听器之类的任务自然是驾轻就熟，但是他很快迎来了真正的挑战——配合探员瓦克斯（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰）在巴黎的行动。瓦克斯作风强硬，举止粗暴。恍如漫画中走出的美国英雄，甫一下飞机，便咬住了毒品的线索一路大开杀戒，先后与华人、巴基斯坦和黑人帮派连番激战……瑞斯对神奇的瓦克斯目瞪口呆之余，也渐渐跟上了他的节奏。任务接近尾声之时
