五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……本片为同名美剧的第一部剧场版。
法国青年瑞斯（乔纳森•莱斯•梅耶斯 Jonathan Rhys Meyers 饰）在大使馆中工作，同时他还是美国情报部门的见习人员，精明强干的瑞斯对“换车牌”，加窃听器之类的任务自然是驾轻就熟，但是他很快迎来了真正的挑战——配合探员瓦克斯（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰）在巴黎的行动。瓦克斯作风强硬，举止粗暴。恍如漫画中走出的美国英雄，甫一下飞机，便咬住了毒品的线索一路大开杀戒，先后与华人、巴基斯坦和黑人帮派连番激战……瑞斯对神奇的瓦克斯目瞪口呆之余，也渐渐跟上了他的节奏。任务接近尾声之时
