经历了许多风波的香菇镇，终于迎来了一段安宁祥和的时光。纳诺、淇淇、维加三人驾着崭新的飞船，准备离开香菇镇，去探索浩瀚未知的宇宙。在宇宙中漫无目的飞行的飞船，在纳诺、淇淇、维加的商讨下，决定飞去工具星系，寻找淇淇的爸爸妈妈。但在这之前，他们遇上了黑洞。 黑洞挡住了纳诺一行的飞行，声称要将他们吞掉，像吞掉胡萝卜岛那样。纳诺一行勇敢前行，与黑洞斗智斗勇，终于摆脱了黑洞的阻挠。 纳诺、淇淇、维加经历了许多困难，终于找到了淇淇爸爸，并来到了秘密基地。在这里，淇淇也见到了自己的妈妈。大家齐心协力，终于将钢铁巨钉打败了，钢铁星球得到了解放。
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